王锡爵的父亲王梦祥幼时警颖善诵，声闻里中。十六岁时便考取太仓州学生员，后曾贡入南京国子监深造，颇具才学。母亲吴氏出生于嘉定县塘南镇的一户富庶人家，为人善良，知书达理，勤劳能干，见识不凡。父母身上的优秀品格对王锡爵的成长产生了重要影响。王梦祥教育儿子王锡爵、王鼎爵兄弟潜心读书，抵御外界诱惑，故而王锡爵兄弟一生品行淳厚正直，从无骄奢淫逸的行为。

　　为了读书上进，王锡爵曾投拜在寓居太仓三家市的举人潘子禄的门下，深得其在《春秋》学上的真传，从而打下了一生学问的根基，后来王锡爵曾编撰有多部《春秋》学的著作。

　　嘉靖二十五年（1546年），王锡爵十三岁时便考取太仓州学学生，即“秀才”。此后几年，他曾多次获得州学科试第一，所写的试文被同窗奉为“金科玉律”。嘉靖三十七年（1558年）秋八月，王锡爵又以《春秋》经中南京应天乡试，名列第四，成了一名举人。四年之后，即嘉靖四十一年（1562年），二十九岁的王锡爵赴京参加会试、殿试。他会试中第一，殿试中第二，一举获得了“会元”、“榜眼”两项殊荣，令人称羡。

　　嘉靖四十一年（1562年）五月，榜眼王锡爵与同科状元申时行、探花余有丁被分别任命为翰林院编修、修撰，从此他步入政坛，开始了三十余年的仕宦生涯。此后二十年间，王锡爵先后担任过翰林院侍讲学士、国子监祭酒、詹事府詹事兼翰林院掌院学士、礼部右侍郎和《世宗实录》、《穆宗实录》副总裁等要职，在明代嘉靖后期、隆庆和万历初年的政治舞台上初露头角。

　　王锡爵任事勤勉、才华出众，故得到万历初年的当朝宰相（首辅大学士）张居正的重视，并一再委以重任，王锡爵也对张居正开创的加强中央集权、推动富国强兵的改革予以坚决的支持。万历十年（1582年）张居正逝世之后，张居正被皇帝和朝廷彻底否定。王锡爵当时虽然在野，仍秉公心，持正论，要求客观评价张居正的伟大功绩，并说：“江陵相业仆始终不甚非之”。后来，王锡爵为相之时，亦力求通过改革救国治国，其精神实质确与张居正改革一脉相承。

　　王锡爵为人刚烈正直，不阿权贵，他曾经因为论辨朝中政事而得罪过前后两任当朝宰相高拱和张居正。隆庆五年（1571 年），王锡爵因指责吏科都给事中言事不当，结果被首辅高拱贬谪到南京翰林院的闲散职位上。

　　万历五年（1577年）九月，首辅张居正的父亲因病去世，张居正不愿按朝廷制度离职守孝，竟反而使用廷杖等高压手段来压制朝臣们的反对声音，用重刑杖打赵用贤、吴中行等官员。对于张居正朝臣的举动，王锡爵持保留和反对的意见，并不畏监视和威胁，同情、照顾赵、吴等人。第二年六月，王锡爵以回乡省亲为由，毅然退出了张居正掌控下的北京朝廷，回到太仓浏河家中闲居。

　　明清两代，王姓为太仓第一大姓，盖始于王锡爵与王世贞。两人同姓不同宗，王锡爵始于“太原王氏”，而王世贞始于“琅琊王氏”。

　　王锡爵这支始祖为唐代滑州黎阳县令王言。王言生子王彻。王彻之子王祜在后汉后周任官，宋代时在太祖朝任监察御史，宋太宗朝官至兵部待郎。王祜次子王旦为宋真宗宰相，封魏国公。王旦第三子王素，官至工部尚书。王素第三子王巩，任宗正丞。

　　王巩第四子王皋随宋廷迁入江南，定居无锡。王皋长子王易迁入娄东。王易长子王绘。王绘子王巘。王巘次子王述祖。王述祖子王竺。王竺子王寿三。

　　王寿三长子王荣官河南元帅府保义副尉，遇红巾起义弃官逃入澄江（今太仓东北沿江一带）。王荣长子王求一迁入嘉定县乐智乡（今太仓浏河镇）。王求一子王伯皋。王伯皋子王道昭。王道昭子王瑁。王瑁子王瑾，字有谦，任福建莆田县丞。王瑾子王侃。王侃子王铣。

　　父亲：王梦祥，字奇征，号爱荆，生于正德十一年（1516年），卒于万历十年十月九日（1582年11月3日），因母亲徐氏孕时，父亲王涌梦到一只角鹿驮图籍进来，故取名为王梦祥。